El Consejo Rector es el órgano ejecutivo de la ARINN y ejerce la representación, dirección y administración de la misma, de acuerdo con las disposiciones y directivas del Pleno.
El Consejo Rector está integrado por seis ayuntamientos que representan las tres modalidades de la distinción, elegidos por el Pleno de entre aquellos ayuntamientos de la Red que soliciten su participación. Además, forman parte del mismo la Presidencia de la Red, los dos Vicepresidentes de la Red y el Representante de la FEMP.
Actualmente ostentan el cargo de miembros de Consejo Rector: Barakaldo, Valladolid, Alcoi, Sant Boi de Llobregat, Ejea de los Caballeros y Villamayor.